深圳高新区孵化器联盟（深圳国家自主创新示范区孵化载体联盟的前身）于2007年6月14日在原市高新技术产业园区领导小组办公室倡导下成立，旨在强化高新区内各孵化器之间的交流与合作，促进高新区孵化器行业的整体发展。2009年初，作为孵化器联盟秘书处单位的深圳市中小科技企业发展促进中心经市民政局批准成立。六年多来， 在各级领导的支持和指导下，孵化器联盟与各孵化器成员单位紧密合作，为入驻的中小科技企业组织了百余次公益服务活动，有效地提高了各孵化器的服务能力，取得了良好的社会效益。

    2014年5月13日，深圳国家自主创新示范区获国务院批复成立，这是我国首个以城市为基本单元的国家自主创新示范区。根据市科创委制定的《深圳建设国家自主创新示范区实施方案（征求意见稿）》，在完善创新服务体系方面，将实施创业苗圃、孵化器、加速器、科技园区相结合的大孵化器战略，形成全过程、全要素的孵化培育生态链。

    在这一新的发展形势下，结合市科创委对我市孵化载体建设的指导意见，2015年1月29日，深圳市中小科技企业发展促进中心联合35家各类孵化载体在“深圳高新区孵化器联盟”的基础上联合发起成立“深圳国家自主创新示范区孵化载体联盟”，并继续由深圳市中小科技企业发展促进中心负责联盟日常运作，做好联盟成员单位之间的沟通和协调工作。

    联盟将秉承“平等协作、互利共赢”的原则，在市科创委的领导下逐步建成一个覆盖全市范围内孵化载体的沟通交流与资源共享平台，积极探索孵化服务资源网络化和标准化机制，提升联盟成员单位的整体服务能力，推动全市孵化器事业向更高层次发展。